1949年渡江战役结束后，解放军第二野战军，第三野战军，第四野战军向南方各省进军。在这三支野战军中，第三野战军的任务是最特殊的，第三野战军不仅仅要解放华东各省，还要解放东南沿海大大小小的数千座岛屿，对于以陆军起家的解放军来说，这可是一个不小的挑战。
蒋介石最开始退到台湾的时候并不甘心，他将几十万的国民党残军分别部署到舟山群岛，台湾岛，舟山岛等岛屿中，希望凭借这些岛链困住大陆，寻找机会进行反攻。但是在海南岛战役开始后，国民党军部队发现不敌解放军，迅速把海南的七万国民党军都撤到了台湾，随后舟山群岛的12万国民党军也都撤到了台湾，使得台湾的国民党军部队增加到了四十多万人的规模。
蒋介石据守台湾后，不仅仅注重对台湾岛的防御部署，还注重对大小金门岛，马祖岛，还有澎湖列岛等外岛的防御部署。1949年10月，第三野战军第十兵团解放福建全省后，叶飞司令员又派28军三个团9000多名官兵攻打金门岛，但是由于轻敌，还有指挥上的失误，导致进攻部队几乎全军覆没。
在金门战役中，负责指挥国民党军部队的是国民党军金门防卫司令胡琏。胡琏可是国民党军中的一员骁将，此人是陈诚系的骨干，抗战时期屡立战功，多次重创日军。解放战争时期，胡琏担任整编11师师长，这支部队是国军五大主力之一，战斗力十分强悍。双堆集战役期间，国民党军12兵团全军覆没，兵团司令黄维被俘，但胡琏硬是开着一辆破坦克冲出了包围圈。
金门战役之后，胡琏在国民党军中的名气更大了，蒋介石也颇为信任这员黄埔四期毕业的将领，为驻扎在金门的国民党军部队优先提供装备，人员。
抗美援朝战争爆发后，蒋介石觉得是大举反攻的天赐良机，曾多次请求和美军一起作战，打进东北，或者是从东南沿海地区登陆。但是美国害怕会刺激到苏联，所以并没有让国民党军参战。但蒋介石也没有闲着，他让胡琏在东南沿海地区寻找解放军的破绽，伺机而动，最后胡琏盯上了南日岛。
南日岛，本名南匿山，因山隐藏隐匿在海里而得名。南日岛位于福建省莆田市东南部兴化湾，是南日群岛的主岛，福建省第三大岛，莆田市第一大岛。 南日岛地理位置独特，是扩大对台、对外贸易的窗口，历来也是军事重地， 其南日水道更是海上交通要冲。
从1951年到1952夏，蒋介石曾八次派兵攻打南日岛，企图以南日岛为跳板，占领福建两三个县，从而实现其“反攻大陆”的计划。但是在驻岛部队和岛上民兵的反击下，来犯的国民党军都被击退。在获得多次胜利之后，南日岛守军出现了轻敌的思想，对敌占岛的一些活动迹象也没有进行及时汇报。
国民党军在进攻南日岛之前，胡琏曾派大量的特务和侦查人员假冒渔民，商人到岛上进行侦查活动，夜间的时候，这些特务还向国民党控制的乌丘岛（距离南日岛10海里）发射电光信号，但是这些迹象都没有被守备部队所重视。1952年10月初，蒋介石签署了对南日岛发动进攻的命令。胡琏在金门岛等岛屿对登岛部队进行了训练，但是国民党军方面的行动也没有被福建省军区所重视。
当时南日岛上一共有两个连队和两个加强排（一共侦查排和一个炮排），共400多名官兵，以及一些民兵武装，约200多人，另外岛上还有莆田县派到南日岛的地方工作人员，和区干部一共20多人。
1952年10月11日凌晨，国民党金门防卫司令胡琏率领国民党75师6000多人，分别乘坐三艘登陆舰和十艘登陆艇，从金门出发，在八架飞机的掩护下，向南日岛发动进攻。解放军守岛部队坚守阵地，但是由于敌众我寡，阵地先后被国民党军部队攻克，大多数解放军战士壮烈牺牲。
南日岛的枪炮声惊动了大陆的人民解放军和人民政府，叶飞迅速命令一个陆战营和一个炮排，一个机枪排，从福建下海，在南日岛西沙山弯登陆，但是由于敌众我寡，这支部队上岛后很快被击溃。
11日下午两点，驻扎在莆田大陆沿海石城地区的边防部队，派出一个营乘坐九艘机帆船，从石城码头下海，再次增援南日岛，但是该部在靠近南日岛的时候，遭国民党军炮击，增援部队的机帆船被击沉两艘，其中一艘满载军火的机帆船当场爆炸，不得不退回。12日，石城部队又派出两个排前去增援，还是因为寡不敌众，伤亡惨重。
13日上午，驻扎在福清，莆田的解放军开始用远程炮火轰击南日岛，封锁南日岛通往金门岛的海上通道，28军开始向这个地区调兵。叶飞见势不妙，携带800多名俘虏立刻撤退，把这800多名俘虏押到了台湾。此次作战，由于组织混乱，尤其是在南日岛遭到进攻后，各部队在不明敌情的情况下分兵增援，被胡琏逐个击破，解放军伤亡1300多人，这是叶飞在金门战役后的又一次失利。
南日岛战役失利后，叶飞对此次战役做了检讨，开始沿海各省、地、县都成立了对敌斗争委员会，如遇紧急情况，军队可随意征用民用车、船，并加强兵、民协同演练，提高驻岛部队的紧急反应能力。在次年的东山岛战役中，叶飞终于取得了一次大捷，重创来犯的国民党军胡琏所部，一雪南日岛战役和金门岛战役的耻辱。